Enquanto a história principal de Gundam SEED se concentra nas lutas entre a Earth Alliance, ZAFT e Orb Union, a série Astray é focada nos três protótipos de trajes móveis MBF-P e seus respectivos pilotos e organizações, que existem principalmente nos arredores de o enredo principal do SEED. O MBF-P02 Gundam Astray Red Frame é pilotado por Lowe Guele da Junk Guild, e o MBF-P03 Gundam Astray Blue Frame é pilotado por Gai Murakumo do grupo mercenário Serpent Tail.
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