A história tem como narrador o estudante com o apelido de "Kyon", um garoto do mesmo colégio de Haruhi Suzumiya. Kyon participa ativamente das atividades definidas por Haruhi, uma garota com hábitos excêntricos e que acaba envolvendo Kyon em toda uma miríade de eventos que ele tinha convencido a si mesmo que não existiam. Entre eles, a existência de viajantes do tempo, alienígenas, pessoas com poderes psíquicos, entre outras diversas coisas que não seriam consideradas tão comuns ou corriqueiras.