Crocodile, desiludido por ver aqueles que navegavam por fortuna e glória como iniciantes, formou uma organização criminosa chamada de Baroque Works. O objetivo era assumir o país de Alabasta e  liderá-la como presidente. Para conseguir isso, ele trabalhou para conquistar a influência do Rei de Alabasta, derrotando criminosos antes que o exército real pudesse, além de explorar uma seca para colocar o reino contra um exército de rebeldes. Depois que Luffy o derrota e seu plano para assumir Alabasta é revelado ao Governo Mundial, ele perde seu status de Senhor da Guerra e é preso em Impel Down. Mais tarde, ele é libertado por Luffy para ajudá-lo em sua fuga da prisão e participar da Guerra Paramount.
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