A Série Ayanami é uma série de clones que foram produzidos a partir do DNA de Yui Ikari (cujo nome de solteira era "Ayanami" na continuidade Rebuild). A Série Ayanami é vista durante toda a série Rebuild of Evangelion.
O termo foi usado pela primeira vez em Evangelion 3.0 onde um novo clone de Rei substitui a Rei que foi absorvida pela Unidade 01 juntamente com Shinji em Evangelion 2.0. Esta Rei veio, aparentemente, de um lote anterior de clones, tal como foi notado por Asuka.
Durante a cena em que Shinji joga shogi com Fuyutsuki, um grupo de muitas cabeças dos clones de Rei pode ser visto ao fundo, armazenadas em cavidades hexagonais semelhantes a uma colmeia, sendo também parte da série Ayanami.