Yu-Gi-Oh! narra a história de Yugi Muto ao lado de seus amigos Joey Wheeler e Téa Gardner.
Eles são duelistas de um jogo de cartas que abriga monstros e magia.
Yugi é um garoto extremamente tímido, mas ao ganhar o antigo Enigma do Milênio de seu avô ele descobre que quando as peças desses enigma se juntam, o corpo de Yugi acaba recebendo um misterioso espirito que faz com que ele seja extremamente destemido e vire um jogador muito habilidoso.
O lendário Exodia faz parte do Deck de Yugi.