Persona 5 acontece na Tóquio de hoje e segue o protagonista Joker após sua transferência para a Academia Shujin após ser colocado em liberdade condicional por um assalto do qual ele foi falsamente acusado. Durante o curso de um ano escolar, ele e outros estudantes despertam seus poderes de Persona, tornando-se um grupo de justiceiros secretos conhecidos como os Fantasmas Ladrões de Copas. Eles exploram o Metaverso, um reino sobrenatural que consiste na manifestação física dos desejos subconscientes da humanidade, para mudar a intenção maléfica dos corações dos adultos.